MEGA 12(分子进化遗传分析软件)

MEGA 12是来自国外的一款操作便捷，功能强大的分子进化遗传分析软件，英文全称：Molecular Evolutionary Genetics Analysis，主要用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据，可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等，非常适合生物学家和科研人员轻松进行进化分析和分子鉴定。目前软件功能齐全，界面简单直观，新版本带来了更多的功能和改善，增加了了向导式系统，用于识别树中的基因复制事件。并且重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树，Timetree系统用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间（Tamura等人，2012）等等。有需求的用户可以免费下载。

MEGA 12新特性和优化内容：

1、过滤跳过导数模型评估的最佳拟合机器学习模型检验 MEGA 中加入了“不太可能最优”的设定。

2、自适应自动确定 使用最大似然时所需的重复次数 MEGA已加入进近距离。

3、最大似然（ML）框架 MEGA 中已进一步并行化和优化，以便于 长序列比对。

4、用于自举构建树 系统发育测试中，树状探索器有一个选项显示支持引导的范围。

5、MEGA现在支持 DPI 了，所以尺寸可以 当MEGA在系统上运行时，组件间距也会得到改善 配备超高分辨率显示器。

6、集成网页浏览器已更新 并配备了当前的 Chromium Embedded Framework 库。

7、MEGA 12包含了许多改进 可用性（例如，对大比齐的滚动改进，改进 进度报告等）。

8、树木探索者现在允许 一个是将当前会话克隆到新窗口。

9、DrPhylo分析（参见Sharma） 以及Kumar 2024）用于评估推断分支的脆弱性 已被添加。

10、快点可以导航到MEGA中当前打开的任何结果窗口 通过Windows菜单 在其他结果窗口的顶部。

软件特色

1、序列分析

系统发育推论

型号选择

约会和时钟

祖传国家

选择和测试

序列比对

2、统计方法

最大似然

距离方法

普通最小二乘

最大的简约

复合似然

贝叶斯

3、强大的视觉工具

对齐/跟踪编辑器

树探索者

数据探索者

传奇发电机

基因复制向导

时间树向导

MEGA 12使用教程简介

1、首先根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。

①取一条目标氨基酸序列，在NCBI的blast板块进行下比对：

②将比对结果下载下来保存为fasta格式，如下：

2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。

3、打开刚刚保存下来的fasta序列，如下：

4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。

5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。

6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（邻接法）和Minimum-Evolution（最小进化法）方法，在此选择选择Neighbor-Joining（邻接法）建树，出现下图。

7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。