snapgene免费安装包

snapgene 是一款功能强大的多功能的分子生物学工具，能够非常直观的注释分析和DNA图谱。它模拟了Clontech的In-Fusion克隆技术，只需选择您想要融合的DNA片段，即可设计引物，是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法，可以轻松创建和共享丰富的注释文件，帮助我们准确清晰地为分子生物学绘制相关图形。SnapGene是GSL Biotech的产品，GSL Biotech是第一个比笔和纸更易于使用的分子生物学软件。 现在，您实验室中产生的任何DNA都可以记录为电子文件，并与免费软件SnapGene Viewer共享给全世界。5.0版增加了新功能和显示选项，包括成对比对，从Ensembl数据库导入，对定向TOPO®克隆的支持以及用于与参考DNA序列比对的改进工具。

软件特色

1、In-Fusion 克隆

Clontech的In-Fusion克隆技术是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法。SnapGene是第一个模拟此程序的软件。只需选择您想要融合的DNA片段，SnapGene即可设计引物。

2、GibsonAssembly

许多研究人员转向吉布森大会，不使用限制性内切酶将片段插入质粒。通过PCR扩增待连接的DNA片段以产生重叠末端。SnapGene简化了吉布森装配反应的计划，并自动化了底漆设计。

3、限制性克隆

SnapGene独特的限制克隆界面以干净的布局显示您需要的信息。规划克隆程序从未如此简单。如果你已经知道你想要做什么，克隆模拟只需要几秒钟。如果克隆程序存在设计缺陷，则可以在模拟过程中捕获并纠正错误。

4、PCR＆诱变 

设计引物后，可用它们来模拟常规PCR，重叠延伸PCR或诱变。产生的DNA序列文件立即可用于进一步操作。与限制性克隆界面一样，针对引物的界面以直观的方式显示关键信息。

5、自动文档 

SnapGene最令人惊奇的地方在于它会自动记录克隆项目中的步骤。每次编辑序列或模拟克隆或PCR或诱变时，该程序都会自动记录在图形历史记录中。在模拟DNA构建体的创建之后，您可以将历史记录用作实验方案。嵌入在最终文件中的是所有的祖先构造，其中的每一个都可以作为单独的文件复活。

SnapGene使用方法

限制性克隆的技巧

对于许多应用，常规限制性克隆仍然是最好的方法。一些简单的技巧将有助于确保您的克隆顺利进行。

1、一般技巧

首先，在程序的每一步都要小心。从长远来看，这种方法可以节省时间。

确保DNA非常干净。当制备载体或切除待插入的片段时，从约2μg的DNA开始。

每次酶促反应后，用旋转柱纯化DNA。在40-45μl的10mM Tris（pH8.5）中洗脱DNA，然后进行下一步反应。（在用凝胶纯化DNA片段之前不需要使用旋转柱。）

为了最大限度地提高效率，请尽量减少程序中的步骤数。例如，将钝端片段克隆到钝性载体位点（例如SmaI位点）比将其用Klenow或T4 DNA聚合酶钝化的位点更好。

如有疑问，用凝胶纯化DNA片段。更清洁的起始材料将产生更好的结果。

2、准备矢量

限制性克隆最常见的问题是在手术后恢复起始载体。该问题有两个原因：载体的不完全消化，以及切割载体与其自身的重新连接。下面描述的技巧将最大限度地减少这些影响。

确保载体的消化完成。使用过量的限制酶（约20 U，2μgDNA），消化约4小时。如果载体需要用两种具有不同最佳反应缓冲液的酶切割，则依次进行消化，并在其间进行旋转柱纯化。

消化载体（并且如果合适的话钝化），用磷酸酶处理：在37℃下1小时处于5'突出端，或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端则在50℃处理1小时。

用旋转柱除去磷酸酶。通常不需要对载体进行凝胶纯化，因为磷酸酶处理会使产生的任何额外DNA片段失活。

3、使用载体，确保消化和磷酸酶反应完成。彻底和反复地涡旋混合物，并且不允许任何液滴逃脱酶处理。在涡旋后短暂旋转以确保管侧没有留下液滴是个好主意。

准备插入的片段

为了制备插入的片段，不完全消化不是一个严重的问题，因为片段的部分回收是可接受的。您可以使用相对较短的消化时间，对于双重消化，您可以使用对一种或两种酶来说不是最理想的反应缓冲液。

用凝胶纯化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外，该方法还可去除酶和小分子。当用透照仪观察DNA条带时，不要使用312nm或更低的短波紫外线，因为DNA会受到严重损害。请改用360-365 nm紫外灯。

如果通过PCR产生插入的片段，则在进行任何限制性消化之前用凝胶或旋转柱纯化。如果您计划将平末端PCR片段（用聚合酶如Pfu产生）克隆到磷酸酶处理的载体中，请确保您的PCR引物含有5'-磷酸。

结扎和转化

使用磷酸酶处理的载体，进行对照连接，其中省略插入的片段。该对照连接应该产生非常少的转化体，因为只有环状DNA分子有效地转化大肠杆菌，并且在不与磷酸化片段连接的情况下不能发生载体的再环化。

如果DNA仅有粘性末端，则在室温下连接约1小时。如果DNA具有任何平端，则在室温下连接约4小时并使用高浓度T4连接酶。

微量制作和诊断摘要

如果您使用插入的片段获得了比用于对照连接的结扎更多的转化体，那么您的克隆几乎肯定会起作用，并且您通常只能制作3-4个小量制备物。

在执行小量制备的诊断限制摘要时，始终包括起始向量作为参考标准。

软件功能

1、成对对齐：可以通过局部，全局或半全局比对来分析成对的DNA或蛋白质序列。

2、从Ensembl导入：现在可以将来自Ensembl基因组浏览器的基因或转录数据直接导入SnapGene。

3、定向TOPO®克隆：一个新的界面可以模拟定向TOPO®克隆到拓扑异构酶激活的载体中。

4、灵活对齐参考：与参考DNA序列比对的界面已得到增强。各种显示选项的控件更加直观，并且可以将比对限制在参考序列的指定链或区域内。

5、可拖动的不对齐端：对于已与参考DNA序列部分比对的序列，现在可以将未比对的末端部分拖出并可视化。

6、AnzaTM酶：Thermo Fisher（Invitrogen）的AnzaTM酶系统已整合到SnapGene的酶数据库中。

7、DNA到蛋白质的比对转换：可以翻译DNA比对的选定区域以产生相应的蛋白质比对。

8、比对cDNA的内含子注释：当cDNA与参考基因组DNA序列比对时，该cDNA可用于创建一个特征，其中的缺口被注释为内含子。

软件亮点

1、琼脂糖凝胶电泳

SnapGene使用先进的算法来创建逼真的琼脂糖凝胶模拟。限制片段以三种格式显示：模拟凝胶，数字列表和序列图。您可以使用模拟凝胶计划诊断性限制消化，或将实际凝胶图像与预测模式进行比较。

2、DNA序列中的注释功能非常简单。

SnapGene格式与GenBank标准相匹配，但添加了诸如颜色，方向性和片段等选项。编码序列被翻译，以便您可以可视化密码子，追踪氨基酸编号，并检查阅读框架以寻找基因融合。功能可以从其他文件导入，或者从可定制列表中自动注释。

3、引物的设计和可视化

与许多其他程序不同，SnapGene使用严格的热力学算法来计算解链温度和双链路线。您可以使用引物模拟程序，如PCR，诱变和In-Fusion克隆。引物可以从其他文件导入或导出为文本格式。

4、大序列

在这个基因组时代，你的分子生物学软件应该能够处理染色体大小的序列。由于采用了专有的MICA算法，SnapGene可以用于浏览具有数千个注释功能的大型序列。智能搜索和缩放控制使得染色体的导航非常简单。

5、多功能数据导入和导出

SnapGene可以读取许多常见的文件格式，捕获DNA序列和注释。支持的格式列表包括 APE， DNASTAR的Lasergene， 基因工程Kit， 基因库， MacVector， 矢量NTI等等。